一篇研究论文的结构依次大致包括：题目(Title)、作者(Authors)、作者单位和联络方式(Affiliation and communication address)、短标题(Short Title)、论文摘要(Abstract)、关键词(Key words)、引言(Introduction)、研究目标(Research Objective)、试验设计(Experimental Design)、试验结果及其分析(Results and Analysis)、对方法和结果的讨论(Discussion)、结论(Conclusion)、致谢(Acknowledgement)、辅助材料(Appendix)、参考文献(References)、以及表和图。
从引言到结论为正文。根据研究专业的不同，会有所调整。如地学研究比较重视研究区(Study Area)，常常是独立于试验设计的一个部分。而试验设计有时就由方法或方法学代替(Method 或Methodology)，一般不建议使用方法学。有些杂志不需要关键词。辅助材料一般是不需要的，因为一般介绍的内容应该包含在正文中。但是，有些论文由于推导繁琐，或需要附带程序等，为不影响阅读效果，需要把这类内容放在辅助材料里供有兴趣的读者进一步阅读。
论文题目一定要达意、简练、清楚。作者单位应反映署名作者从事这项研究时所在的单位。如果作者研究在不同单位完成，应列出各个单位。
如果作者在某单位做完研究后调往另一单位，在作者单位中不应列新调单`位。但是可以在联络方式处注明，已换工作单位。论文发表时可以注明联系作者或较通讯作者(Corresponding Author)。通讯作者一般是研究工作开展单位有固定职位的研究人员。
如果学生或访问学者与合作导师联合发表论文，一般通讯作者应是合作导师。其实，这与合作导师参与的程度并无直接关系，只是为了便于读者能向一个较长久有效的地址索要材料或提供批评意见。
论文从开始投稿开始，联系方式便不可缺少。在论文投稿阶段可以用负责投送的作者的联系地址、电话、电邮等。但是当论文发表时应该改成通讯作者的地址。为方便编辑安排稿件双向盲审(即既不给评阅者作者名单又不给作者评阅者名单)，题目和作者可以放在单独的一页。
有许多杂志只是不对作者透露评审者姓名。下面简单介绍一下每一部分应写的内容和注意事项。不是所有刊物要求提供短标题目。其目的是用做页眉(即有些刊物印刷页每隔一页上方的标题)。
论文摘要应通俗易懂、文字简练准确。内容应包括所要研究的问题，研究区域，所用数据，数据处理方法，以及结果与发现。如果需要提供关键词，可以挑选论文题目以外，最能反映论文内容的几个词汇。发表关键词的主要目的是提高检索效率。随着检索电子化日趋成熟，关键词的作用已经不大了。
引言的主要目的是提出研究动机和目的。因此要指出目前所研究领域的知识缺陷，提出研究问题。这要求作者必须参考引证最新的相关研究文献。但是注意避免仅引用文章，不指出别人真正的贡献，特别是理论、方法、结果方面的贡献。当然，写作时不一定要用贡献之类的词来表述他人的工作。也可以将别人工作的不足做为自己研究的动机。在分析目前已知和不足之后，清晰地提出自己的研究目标或假设，着重指出自己研究的贡献。
试验设计主要应与研究目标呼应。内容包括完整提出理论、方法或模型，实验的内容和方法，如研制需要的某种仪器的原理，针对所提出的理论、方法和模型进行检验的方法，收集和观测数据的方法，对获取的数据进行处理和分析的方法等。
应明确给出所使用的数据的来源、日期、比例尺等元数据内容。描述清楚处理数据的步骤。适当使用流程图。总之，提供的介绍应足以使读者可以重复同类试验。
在结果部分，主要介绍按试验设计完成试验后所取得的结果。应该与处理方法相呼应。对结果的解释需要深入透彻。指出新的发现。适当使用图表。分析出现偏差的原因。
讨论部分的内容包括整个研究与其它研究从理论、方法到结果的相同和不同点。理论与试验结果的一致性分析，方法和模型的灵敏性，出现误差的原因，指出本研究的局限。提出结论和概括性论点。
对不确定或无法到达目标的结果进行更广泛的阐述。结构上，如果介绍结果时必须对不确定的结果进行讨论，可以将讨论与结果部分合并。有时将讨论部分与结论合并。不管怎样，对于作者来说，这部分往往是写作的难点。也是反映作者对自己领域积累深浅的重要部分。做得好，对论文能起到画龙点睛的作用。一篇论文的贡献常常在讨论部分得到注释。
结论要与引言中的假设或研究目标相呼应，总结出试验结果能够支持的论点。有时为了使结论更易于理解，需要先对所用方法和试验设计进行归纳。
致谢部分不能流于形式，而应客观恰当地反映他人的帮助。要全面准确地列出资助论文研究的课题和编号。
参考文献首先应与欲投刊物里的文献格式要一致。参考文献不是多多宜善，而是能够充分反映目前在论文研究领域的知识面貌-所有结论和所用方法。不应漏掉关键的方法和结论。一般应引用概念、方法和发现的原创论文及对此做出贡献的相关发展。当然，如果对某一方面已有综述性论文和教材做出概括，应当引用。
在纸质论文投稿时代，正文中不插入论文图表，而是置于文献之后。为排版方便，先表后图。图表分别编号要清楚。标题清晰，表的标题放在表前。而图题置于图后。列图之前要加一个图的编号和图题清单。图例清楚，图题中的缩略语要给出解释。有些刊物要求在论文发表时用铅笔将图号和作者名写在图的反面。
现在采用电子排版，一般对图的分辨率(DPI-每英尺点数)有要求。如图象要300DPI，线划图要600DPI，等。图表必须专业化地完成。考虑到发表时图形会缩小，因此要保证缩小一定倍数时也要清晰可读。
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